En una sesión del 18 de Mayo de 1841, la Ilustre Municipalidad de Melipilla, con la asistencia del Gobernador José Angel Ortuzar acordó la fundación de este hospital, con el propósito de dar asistencia a los enfermos carentes de recursos y que en aquel tiempo, fallecían sin socorro, a consecuencia de la viruela.

La obra se inicio con 800 y tantos pesos aportados por el Gobernador, fondos del Cabildo y la Comunidad. Sus inicios fueron dificiles, sin agua y falta de dinero. Recién en 1865 se establece una sala con 12 camas hasta 1870. En el período 1873 a 1878, el vecino D. Emeterio Goyenechea se hace cargo del establecimiento, dirigiéndolo personalmente y cubriendo los gastos de mantención por varios años.

Durante esta administración en 1875, comienza una sesión para hombres y otra para mujeres, proyectándose la construcción de una farmacia, sala de operaciones y cocina. Bajo su administración el 8 de Julio de 1874, se instituyo el nombre de "San José " a nuestro hospital, cuyo titulo se mantiene en la actualidad. El 9 de 1878, por indicación del médico Don Alberto Delpiano nace la Sociedad de Señoras, denominada Instituto de la Caridad que se preocupó de las necesidades espirituales de los enfermos y económicas del Edificio.

Es así como en 1895 se proyecta contruir un nuevo Hospital, teniendo como modelo al Hospital San VIcente de Paul de Santiago, y así en 1900 se abrió una sala para niños afectados por la alfombrilla. En 1901 con $9.000 el Gobierno habilita 2 salas para infecciosos y en 1905 se construye el Edificion de la comunidad de Religiosas.

De 1907 a 1910, hubo varios adelantos que se conocieron hasta 1985. Entre ellos el Pabellón de operaciones, Farmacia, Sala de autopsias, servicios menores, contrucción del estanque de agua, desagües abovedados, sala de hombres denominadas "Del Carmen " y "Emeterio Goyenechea", pensionado de hombres y mujeres, sala de maternidad, alumbrado a gas, molino de viento y la comunidad; en el denominado "Hospital Moderno ".

Algunos médicos recordados en los inicios del Hospital, son Wenceslao Hidalgo, Alberto Delpiano, Carlos Monckeberg, Jovino Contardo, Alfredo Oyarzún, por nombrar a algunos. En Agosto de 1906, un terremoto afecto la zona, y los enfermos debieron aislarse en carpas del Ejército, iniciándose la reconstrucción a los pocos dias, bajo la Dirección de Don Ricardo Ariztía Pinto. Durante su gestión contruye 14 casas para obreros en terrenos cedidos por la Municipalidad, obra que se terminó en 1910 y significaron rentas para el Hospital.

El total de los trabajadores de 9 en 1879 llegó a 40 en 1916, el número de camas de 15 en 1876, aumentó a 102 en 1916, en 1985 un nuevo terremoto derribo el Hospital, debiendo reconstruirse por el edificio actual, ascendiendo el número de camas a 165, que se mantienen en la actualidad.

En pleno siglo XXI, la dotación funcionaria alcanza los 450 funcionarios y cuenta con 3 pabellones quirurgicos y 2 de partos. Su Administración esta dividida en área clinica y área administrativa, su actual director Dr. Mario Carmona Rojas.